За непродолжительное время новое Mate показало, что ещё не готово для полноценного применения. Например, Mate Tweak запускается только в Compiz-e. При переходе на Marco становится невозможным возврат Compiz-a. Команда compiz --replace
переключает на настроенный Compiz, но после завершения сессии возвращается Marco.
По этой причине рекомендую не обновлять Mate до его стабилизации и заранее делать бекап системы.