Существует несколько способов ассоциации файлов с приложениями. Допустим, видеофайлы можно открывать как в видеоредакторе, так и в видеопроигрывателе. Если ПКМ по файлу и выбрать Свойства, то во вкладке открывать в программе, будет несколько вариантов, и если Вы будете открывать файл в ином приложении, его название автоматически добавится в эту категорию в верхней позиции. В результате чего при двойном клике по файлу он будет открываться в последнем выбранном приложении. Чтобы назначить приложение по-умолчанию, можно либо подправить список программ, в которых может быть открыт данный вид файлов (с аналогичным расширением), либо воспользоваться утилитой Предпочтительные приложения, расположенной в Система-Параметры.
Наиболее распространённый случай, когда пытаемся открыть каталог/альбом в аудиопроигрывателе, а затем все действия, связанный с открытием других файлов и папок, начинают происходить не в ФМ Caja, а в последнем выбранном приложении. Исправляется через предпочтительные приложения
Для других категорий файлов поступаем аналогично с выбором предпочтительного приложения.