Вы меня извините конечно, но проблемы нет. Просто нужно правильно устанавливать системы и никакой Boot-Repair не нужен.
Один из вариантов установки систем
Для меня ситуация была не стандартная, поэтому и поделилась своим решением.
Конечно, вариант предварительного создания фатового раздела, как в приведённом Вами варианте, помог бы избежать нежелательных последствий
А так, если Вас какое-то ПО, в частности, Boot-Repair, не устраивает в Matuntu, можете или не пользоваться им или удалять сразу после установки системы.