Предупреждение о ненадёжных ключах при обновлении 16.04 появились по причине постепенного перевода репозиториев на новые подписи с использованием
SHA2 (более надёжная криптозащита).
Репозитории, подписанные ключами с применением
SHA1, считаются не надёжными, но пока доступны для обновления приложений.
Впоследствии разработчики приложений должны сами переподписать свои репозитории для беспроблемного их применения.
Пример
перевода на новую криптозащиту своего ppa
ppa:hanipouspilot/rtlwifi по поддержке Realtek wireless.
Источник с разъяснениями сложившейся ситуации -
статья Clarifications and updates on APT + SHA1 P.s.: Пока приложения обновляются, можно игнорировать предупреждения о ненадёжности ключей подписи. Если работа установленного приложения устраивает, можно отключить репозиторий из списка обновлений.