В Matuntu есть утилита Анализатор использования дисков (Baobab) в разделе Системные. Надо проанализировать корневой раздел, чтобы выявить что, где и в каком количестве занимает дисковое пространство, а затем решить от чего можно избавиться. Также можно из живой сессии с помощью Gparted увеличить корневой раздел за счёт домашнего каталога.