Странное поведение Gdebi проявилось после очередных обновлений в тестируемой
Matuntu-I. Что интересно, запущенный в терминале установщик приложений без графической оболочки полноценно выполняет свою функцию:
sudo gdebi `название пакета`
Возможно, обновление версии GTK привело к багу в работе GUI инструмента Gdebi.