Игорь, сейчас пошел немного другим путем.
Т.к. в ксубунту выпилили пакет gksu с корнем, скачиваю пакет
gksu, который выкладывала Таня. Устанавливаю в систему, именно для этого пакета все зависимости удовлетворены. Потом корректирую файл GDebi.desktop по пути /usr/share/applications/, меняю строку Exec=....... на
Exec=gksu gdebi-gtk %f
все работает