Привычные инструменты из дистрибутивов "выпиливают" или делают их непригодными для применения. Например, считают, что gdebi и synaptic не нужны обычному пользователю, когда есть Центр приложений. Редактировать меню приложений тоже необязательно. Поэтому и разработчики Mate не стремятся исправлять ошибки. Найти выход, конечно, можно в любой ситуации, но это требует знаний и умений.