Вообще-то в данном случае владельцем файлов будет юзер с UID 1000, а имя его значения не имеет.
Но согласен, что занятие нездоровое, потому как некоторые программы, действительно, до проверки UID'а не доходят, ограничиваются именем
И вообще путаницы может быть немало.
Хотя, например, настройки браузера (что FF, что PM) тупо копирую от одного юзера (тысячного) другому, всё нормально.
А вот nano в таких случаях жалуется на недоступность файла search_history (хотя всё равно раюотает).