Если разместить корневой раздел на SSD, a домашний на hdd то по мнению некоторых "специалистов" скорость получится от SSD, а объём как в HDD. На самом деле это очень сильно замедлит загрузку, так как система и вправду расположена в корневом разделе, а вот конфигурационные файлы лежат в домашнем каталоге и могут изрядно тормозить загрузку системы, вплоть до описанной Вами картины. Видимые папки действительно можно вынести на HDD, при этом домашняя папка со скрытыми каталогами остается на SSD, а видимые каталоги заменяются ссылками на них, но на HDD.