FAT - плюсы:
* Для эффективной работы требуется немного оперативной памяти.
* Быстрая работа с малыми и средними каталогами.
* Диск совершает в среднем меньшее количество движений головок (в сравнении с NTFS).
* Эффективная работа на медленных дисках.
FAT - минусы:
* Катастрофическая потеря быстродействия с увеличением фрагментации, особенно для больших дисков (только FAT32).
* Сложности с произвольным доступом к большим (скажем, 10% и более от размера диска) файлам.
* Очень медленная работа с каталогами, содержащими большое количество файлов.
NTFS - плюсы:
* Фрагментация файлов не имеет практически никаких последствий для самой файловой системы - работа фрагментированной системы ухудшается только с точки зрения доступа к самим данным файлов.
* Сложность структуры каталогов и число файлов в одном каталоге также не чинит особых препятствий быстродействию.
* Быстрый доступ к произвольному фрагменту файла (например, редактирование больших .wav файлов) .
* Очень быстрый доступ к маленьким файлам (несколько сотен байт) - весь файл находится в том же месте, где и системные данные (запись MFT).
NTFS - минусы:
* Существенные требования к памяти системы (64 Мбайт - абсолютный минимум, лучше - больше) .
* Медленные диски и контроллеры без Bus Mastering сильно снижают быстродействие NTFS.
* Работа с каталогами средних размеров затруднена тем, что они почти всегда фрагментированы.
* Диск, долго работающий в заполненном на 80% - 90% состоянии, будет показывать крайне низкое быстродействие
http://ru-admin.com/modules.php?name=Articles&pa=showarticle&articles_id=125