Смысл в галочке - перенос всех параметров. Перенос откуда? Из исходной версии?
Наследование пользователем, созданным при инсталляции, конфигов и данных пользователя Live-сессии, у меня это некая гражданка cintu, у Татьяны, кажется, vita.
Я использую иногда несколько систем при этом все хомяки монтируются на один раздел.
Сапсэм-сапсэм нэдавна, лет сто назад (а конкретней, лет 15 тому) я тоже так делал. Потом обнаружил, что в результате в $HOME получается каша. Иногда реально вредная: в одном дистре KDE 3.5.X, в другом - 4.X, и конфиги у них на самом деле разные, и друг другу мешаются. А если учесть, что кроме разных линксов у меня ещё BSD одна-другая часто жила...
Это даже конфига login shell касается: $HOME/.zshrc для чистых убунтоидов один, для Mint'одиов чуть другой, для, скажем, openSUSE - ещё другее, а для DragonFly - вообще $HOME/.tcshrc
Поэтому постепенно пришёл к тому, что $HOME - всегда на том же разделе, что и корень, и в нём нет ничего кроме dot-файлов. А все рабочие данные - в /home/data на отдельном разделе (желательно вообще на отдельном носителе). Который монтируется в любую систему.
А dot-конфиги для отдельных приложений - так и переношу,. как написали ivm и ludoed - только для тех, для которых это действительно нужно, типа того же transmission или, что для меня очень важно, geany.
Кстати, копирую их я в банальный tar-архив, для сохранения всей атрибутики, типа UID'а и mtime (последнее бывает очень важно). И прям так в MC открываю архив и тибрю оттуда нужные конфиги. А не нужные - не тибрю