Результат сильно разочаровал: были затёрты важные составляющие системы.
...
Может быть стабильная версия Pinguy Builder из репозитория ppa:inameiname/stable поведёт себя иначе.
Увы, оказалось, что чудес не бывает. Да, действительно затирает файлы из /etc/skel, причём совершенно непредсказуемым образом: переносит .zshenv, но убивает .zshrc. Доступ на /etc/skel выставляет
только руту (хотя в материнской системе специально перепроверил каждый файл). Ну и ещё кое-какие мелочи...
Чуть позже проверю в деле.
Чисто из любопытства, конечно, гляньте - может, с Bash'ем как login shell Вам повезёт больше
Но для себя решил от добра добра не искать: Systemback простой, надёжный и вроде все его тайны мы тут совместными усилиями раскрыли