Таким способом использования Synaptic поделился Юрий Квасов (Calambus с форума Runtu), рекомендовавший его для очистки системы от мусора совместно с BleachBit. После того как столкнулся с неприятностями менеджера обновлений, щедро одарившего при обновлении пакетами KDE, пришлось вспомнить как система обновляется из Synaptic.
Открываем Synaptic и выбираем в левой нижней части раздел состояние
если в верхней левой части Synaptic есть только эти строки, то система находится в хорошем состоянии и обслуживать ее нет необходимости. Но чаще содержит другие категории.
При установке любого пакета создаётся каталог для его конфигурации. Наличие этой категории говорит- пакет удален, но остался каталог с настройками. для исправления ситуации нужно по правому клику выбрать пункт отметить для полного удаления и так для каждого пакета, упомянутого в этой категории.
Вторая важная категория Установленные (обновляемые). С ними легче, т.к. к этой категории применима кнопка "Отметить всё". После нажатия "Применить" отмеченные пакеты будут корректно обновлены. Но синхронизация Synaptic не полная, поэтому есть кнопка "Обновить", которую нужно нажимать для считывания списка пакетов из репозиториев Synaptic(ом), не обновляющим их во время выполнения команды
sudo apt update